-
-
- W XXI wieku coraz więcej astronautów będzie przez dłuższy czas odwiedzać Międzynarodową Stację Kosmiczną (ISS). Dlatego niezwykle ważne jest dostarczenie niezbędnej podstawowej wiedzy na temat zagrożeń dla ich zdrowia i ich zdolności do pracy na stacji oraz podczas czynności poza pojazdem ( EVA ) w wolnej przestrzeni.
- Celem jednego z eksperymentów niemieckiego projektu TRIPLE-LUX (planowanego na ISS) jest oszacowanie zagrożenia zdrowia wynikającego z narażenia astronautów na promieniowanie w przestrzeni kosmicznej wewnątrz stacji, a także podczas czynności poza pojazdem na z jednej strony, a narażenie astronautów na nieuniknione lub dotychczas nieznane substancje genotoksyczne dla środowiska ISS z drugiej.
- Projekt (i) zapewni poszerzoną wiedzę na temat biologicznego działania promieniowania kosmicznego i enzymatycznej naprawy uszkodzeń DNA, (ii) odkryje komórkowe mechanizmy synergistycznego oddziaływania mikrograwitacji i promieniowania kosmicznego oraz (iii) zbada środowisko statków kosmicznych za pomocą wysoce specyficznych bioczujników .
- Do tych badań zostanie wykorzystany bioczujnik bakteryjny SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność-test, łączący test SOS-LUX-opracowany w DLR Niemcy (patent) z dostępnym na rynku testem LAC-FLUORO. Test SOS-LUX obejmuje genetycznie zmodyfikowane bakterie transformowane plazmidem pPLS-1 pochodzącym z pBR322. Plazmid ten niesie pozbawiony promotora operon lux Photobacterium leiognathi jako element reporterowy pod kontrolą promotora SOS zależnego od uszkodzenia DNA z ColD jako elementu czujnikowego.
- System ten reaguje na promieniowanie i inne czynniki indukujące uszkodzenia DNA mierzalną emisją bioluminescencji transformowanych bakterii, zależną od dawki. Analogiczny test LAC-FLUORO został opracowany do wykrywania odpowiedzi komórkowych na cytotoksyny. Opiera się na konstytutywnej ekspresji białka zielonej fluorescencji (GFP) za pośrednictwem wektora ekspresji białka bakteryjnego pGFPuv (Clontech, Palo Alto, USA).
- W odpowiedzi na środki cytotoksyczne układ ten reaguje z zależną od dawki redukcją fluorescencji GFP. Obecnie opracowywany jest w pełni zautomatyzowany, zminiaturyzowany system sprzętowy do konfiguracji bakterii, który obejmuje pomiary luminescencji i fluorescencji lub absorpcji oraz ocenę opartą na analizie obrazu.
- Podczas pierwszej misji SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność-Test na ISS, jako induktor genotoksyczny zostanie użyte znormalizowane źródło promieniowania, które nie zostało jeszcze ustalone. Panel rekombinowanych szczepów Salmonella typhimurium niosących plazmid SOS-LUX lub plazmid pośredniczący w fluorescencji lac-GFPuv zostanie użyty do równoległego określenia na jednej mikropłytce genotoksycznego i cytotoksycznego działania zastosowanego promieniowania w połączeniu z mikrograwitacją.
- Oprócz lub zamiast pomiarów fluorometrycznych środków cytotoksycznych, pomiary fotometryczne będą jednocześnie monitorować wzrost komórek, dając dodatkowe dane dotyczące przeżycia komórek. Uzyskane dane będą dostępne on-line w czasie trwania misji TRIPLE-LUX.
- Chociaż głównym celem misji TRIPLE-LUX jest pomiar efektu promieniowania w mikrograwitacji, test SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność w zasadzie ma również zastosowanie jako biomonitor do wykrywania i pomiaru substancji genotoksycznych w powietrzu lub w systemie (recyklingu) wody na ISS lub ogólnie na ziemi.
Walidacja testu żywotności Clostridium endospore i analiza lodów Grenlandii i gleb pustyni Atacama.
- Mikroskopowy test żywotności przetrwalników (micro- EVA ) umożliwiający zliczenie kiełkujących przetrwalników Clostridium (GCE) w czasie krótszym niż 30 minut został zwalidowany i wykorzystany do określenia stężenia GCE w lodach Grenlandii i glebach pustyni Atacama . Inokulacja na agarozie domieszkowanej Tb(3+) i d-alaniną wyzwala kiełkowanie zarodników Clostridium i jednoczesne uwalnianie ~10(8) cząsteczek kwasu dipikolinowego (DPA) na endosporę, co pod wpływem impulsowego wzbudzenia UV umożliwia zliczenie powstałej zieleni Plamy luminescencyjne Tb(3+)-DPA jako GCE z mikroskopią luminescencyjną bramkowaną czasowo.
- Przebiegi intensywności w czasie plam luminescencyjnych były charakterystyczne dla dynamiki kiełkowania zarodników Clostridium stadium I. Mikro – EVA została zwalidowana względem tradycyjnej hodowli CFU w zakresie od 0 do 1000 całkowitych przetrwalników/ml (tj. ciałka o jasnej fazie/ml), uzyskując 56,4% ± 1,5% GCE i 43,0% ± 1,0% CFU. Pokazujemy również, że d-alanina służy jako środek kiełkujący specyficzny dla Clostridium (trzy przebadane gatunki), który hamuje kiełkowanie zarodników Bacillus (pięć przebadanych gatunków) w tym reżimie koncentracji przetrwalników.
- Ostatecznie, stężenia GCE w rdzeniach lodowych Grenlandii i glebach pustyni Atacama określono za pomocą mikro- EVA , uzyskując 1 do 2 GCE/ml lodu grenlandzkiego (w porównaniu z <1 CFU/ml po 6 miesiącach inkubacji) i 66 do 157 GCE/g Gleba pustyni Atakama (w porównaniu z 40 jtk/g gleby).
Analiza topnienia w wysokiej rozdzielczości w celu genotypu najczęstszych wariantów w HFE
- Analiza topienia amplikonów PCR w wysokiej rozdzielczości (HRM) została niedawno wprowadzona jako szybka i niedroga metoda genotypowania w zamkniętej probówce. W badaniu tym oceniono ten system jako opcję wykrywania trzech najczęstszych mutacji w genie HFE (C282Y, H63D, S65C), stanowiących główną postać dziedzicznej hemochromatozy.
- Użyto dziewięćdziesięciu próbek, wcześniej przebadanych przez bezpośrednie sekwencjonowanie i 27 kontroli. Analizę przeprowadzono na Rotor Gene Q, stosując komercyjną mieszankę HRM zawierającą barwnik Eva Green (Qiagen). Specyficzne startery umożliwiły amplifikację interesujących regionów w genie HFE. Po amplifikacji przeprowadzono analizę HRM w celu wykrycia wariantów DNA. Profile denaturacji termicznej próbek porównano z profilami kontrolnymi.
- Z łatwością zidentyfikowano sto procent próbek heterozygotycznych i homozygotycznych. Heterozygoty były łatwo identyfikowane, ponieważ heterodupleksy zmieniały kształt krzywych topnienia, ale istotne różnice były również obecne w krzywych topnienia homozygotycznych nosicieli w porównaniu z krzywymi typu dzikiego.
- Analiza HRM to atrakcyjna technologia do badań przesiewowych genów HFE. Jest to solidna technika, która może być szeroko stosowana w laboratoriach diagnostycznych w celu ułatwienia badań przesiewowych mutacji genów.
Szybka i niedroga identyfikacja płynów ustrojowych za pomocą opartej na profilowaniu RNA analizy multipleksowej o wysokiej rozdzielczości (HRM).
- Pozytywna identyfikacja charakteru materiału biologicznego znajdującego się na przedmiotach dowodowych może być kluczowa dla zrozumienia okoliczności towarzyszących przestępstwu. Jednak tradycyjne metody oparte na białkach nie pozwalają na identyfikację wszystkich płynów ustrojowych i tkanek, a zatem konieczne jest opracowanie strategii opartych na molekularnych metodach rozstrzygającej identyfikacji wszystkich płynów i tkanek istotnych z punktu widzenia medycyny sądowej.
- Profilowanie Messenger RNA (mRNA) jest przykładem takiego podejścia molekularnego. Obecne testy identyfikacji mRNA w płynach ustrojowych obejmują elektroforezę kapilarną (CE) lub ilościową platformę RT-PCR (qRT-PCR), każda z własnymi ograniczeniami. Obie platformy wymagają użycia drogich, znakowanych fluorescencyjnie starterów lub sond.
- Testy oparte na CE wymagają oddzielnych etapów amplifikacji i detekcji, co wydłuża czas analizy. W przypadku testów qRT-PCR w jednej reakcji można uwzględnić tylko 3-4 markery, ponieważ każdy z nich wymaga innego barwnika fluorescencyjnego.
- Aby uprościć testy profilowania mRNA oraz skrócić czas i koszty analizy, opracowaliśmy jedno- i wieloskładnikowe testy High Resolution Melt (HRM) płynów ustrojowych do identyfikacji powszechnie istotnych z punktu widzenia medycyny sądowej płynów i tkanek . Włączone biomarkery obejmują IL19 (wydzielina pochwowa), IL1F7 (skóra), ALAS2 (krew), MMP10 (krew menstruacyjna), HTN3 (ślina) i TGM4 (nasienie).
- Testy HRM wymagają jedynie nieznakowanych starterów PCR i jednego nasycającego interkalującego barwnika fluorescencyjnego ( Eva Green ). Każdy marker specyficzny dla płynu ustrojowego można łatwo zidentyfikować dzięki obecności wyraźnego piku topnienia. Zazwyczaj testy HRM są wykorzystywane do wykrywania wariantów lub izoform pojedynczego genu docelowego. Jednak opracowaliśmy unikatowe testy duplex i triplex HRM, aby umożliwić jednoczesne wykrywanie wielu celów na reakcję.
Finntip 5ml 0.5-5ml Green 5 x 54 rack
PIP3708 Scientific Laboratory Supplies PK270 126 EUR Finntip 5ml Sterile 0.5-5ml Green 5 x 54 rack
PIP3742 Scientific Laboratory Supplies PK270 159.6 EUR Reactive Green 5
GT6783-25G Glentham Life Sciences 25 g 151.2 EUR Reactive Green 5
GT6783-5G Glentham Life Sciences 5 g 64.8 EUR Reactive Green 5
GT6783-25 Glentham Life Sciences 25 95 EUR Reactive Green 5
GT6783-5 Glentham Life Sciences 5 23.8 EUR Simport Cryostore Box 25 x 1-2mL Green
CRY2292 Scientific Laboratory Supplies PK8 72 EUR Simport Cryostore Box 81 x 3-4mL Green
CRY2308 Scientific Laboratory Supplies PK6 120 EUR Simport Cryostore Box 81 x 3-5mL Green
CRY2316 Scientific Laboratory Supplies PK5 102 EUR Simport Cryostore Box 100 x 1-2mL Green
CRY2324 Scientific Laboratory Supplies PK4 60 EUR 1 wide x 500 Green Tape
TAP1122 Scientific Laboratory Supplies EACH 9.16 EUR Malachite Green (10 x Concentrate)
RRSP85-B Atom Scientific 100ml 5.69 EUR Malachite Green (10 x Concentrate)
RRSP85-C Atom Scientific 250ml 9.06 EUR Time Tape 12m x 19mm Green
DD140250V Scientific Laboratory Supplies EACH 24 EUR Time Tape 55m x 13mm Green
DD140254V Scientific Laboratory Supplies EACH 43.2 EUR Tough-Tags 33 x 13mm Green
MIC5082 Scientific Laboratory Supplies PK1000 74.4 EUR Tough-Tags 24 x 13mm Green
MIC5094 Scientific Laboratory Supplies PK1000 58.8 EUR MBPTRAP 5 X 1ML
GE28-9187-78 Scientific Laboratory Supplies PK5 354 EUR 1/2 wide x 500 Green Tape
TAP1084 Scientific Laboratory Supplies EACH 9.72 EUR 3/4 wide x 500 Green Tape
TAP1104 Scientific Laboratory Supplies EACH 9.17 EUR One rack PP 13mm x 72 green
STA5210 Scientific Laboratory Supplies EACH 31.56 EUR One rack PP 16mm x 72 green
STA5230 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.76 EUR Buffer pH7 Green 250ml
PHM0272 Scientific Laboratory Supplies PK6 94.8 EUR 0.65ml Tube, Green, 1000/Bag
BT613-G Bio Basic 1PK, 1000UNIT 82.08 EUR 0.6ML MICROTUBES. GREEN
MCT-060-G CORNING 1000/pk 219.6 EUR 1.7ML MICROTUBES. GREEN
MCT-175-G CORNING 500/pk 139.2 EUR Kinesis Tubing Sleeve PEEK Green 0.025 x 0.0155 (395um)
CHR3377 Scientific Laboratory Supplies EACH 4.8 EUR Kinesis Tubing Sleeve PEEK Green 0.025 x 0.0155 (395um)
CHR3379 Scientific Laboratory Supplies PK10 34.8 EUR GSTrap FF 5 x 1mL
17513001 Scientific Laboratory Supplies EACH 411.6 EUR GSTrap HP 5 x 1mL
17528101 Scientific Laboratory Supplies EACH 459.6 EUR GSTrap 4B 5 x 1mL
28401745 Scientific Laboratory Supplies EACH 387.6 EUR HisTrap FF 5 x 1mL
17531901 Scientific Laboratory Supplies EACH 223.2 EUR StrepTrap HP 5 x 1mL
28907546 Scientific Laboratory Supplies EACH 776.34 EUR Combitips Adva PCR Green 2.5mL
E0030089863 Scientific Laboratory Supplies PK100 153.6 EUR HiTrap MAbSelect 5 x 1mL
28408253 Scientific Laboratory Supplies EACH 1203.6 EUR Time Tape Labelling Tape - 19mm x 54.8m - Green
DD140255V Scientific Laboratory Supplies EACH 64.8 EUR Cryogenic Label Strips 33 x 13mm Roll Green
ARG1438 Scientific Laboratory Supplies PK1000 104.45 EUR Pop Up Rack Green 50ml_
RAC3118 Scientific Laboratory Supplies PK2 69.6 EUR MycoLightâ„¢ Green JJ98 *5 mM in DMSO*
24000-100uL AAT Bioquest 100 uL 222 EUR MycoLightâ„¢ Green JJ99 *5 mM in DMSO*
24001-100ul AAT Bioquest 100 ul 222 EUR Bravo Freezer Boxes Undivided - 133 x 133 x 75mm - Standard - Green
FRE2214 Scientific Laboratory Supplies EACH 9.6 EUR Bravo Freezer Boxes Undivided - 133 x 133 x 50mm - Standard - Green
FRE2244 Scientific Laboratory Supplies EACH 8.4 EUR Tube Strip PCR 8x0.2ml Green
CEN7686 Scientific Laboratory Supplies PK1000 147.6 EUR Bottle Wash 500ml LDPE Green
BOT8994 Scientific Laboratory Supplies PK6 52.8 EUR Full Safety Green wellington Boots Size 5
SAF7688 Scientific Laboratory Supplies PR 36.95 EUR Pipette Filler Green to 10ml
PIP6154 Scientific Laboratory Supplies EACH 19.78 EUR MycoLight™ Green JJ98 *5 mM in DMSO*
24000 AAT Bioquest 100 ul 222 EUR MycoLight™ Green JJ99 *5 mM in DMSO*
24001 AAT Bioquest 100 ul 222 EUR Bravo Freezer Boxes Undivided - 133 x 133 x 75mm - Plastic coated - Green
FRE2215 Scientific Laboratory Supplies EACH 10.8 EUR Bravo Freezer Boxes Undivided - 133 x 133 x 50mm - Plastic coated - Green
FRE2245 Scientific Laboratory Supplies EACH 29.31 EUR HiTrap SP HP 5 x 1mL
17115101 Scientific Laboratory Supplies EACH 198 EUR HiTrap Q HP 5 x 1mL
17115301 Scientific Laboratory Supplies EACH 198 EUR HiTrap Q FF 5 x 1mL
17505301 Scientific Laboratory Supplies EACH 183.6 EUR HiTrap SP FF 5 x 1mL
17505401 Scientific Laboratory Supplies EACH 183.6 EUR HiTrap CM FF 5 x 1mL
17505601 Scientific Laboratory Supplies EACH 183.6 EUR HiTrap Q xL 5 x 1mL
17515801 Scientific Laboratory Supplies EACH 183.6 EUR HiTrap SP xL 5 x 1mL
17516001 Scientific Laboratory Supplies EACH 187.2 EUR Green CMFDA
GW6492-1 Glentham Life Sciences 1 252.7 EUR Green CMFDA
GW6492-25 Glentham Life Sciences 25 3056 EUR Green CMFDA
GW6492-5 Glentham Life Sciences 5 895.4 EUR Polycarbonate CryoGen Box - 81 x 1 and 2 mL cryotubes - 132 x 132 x 52 mm - green
DD390735 Scientific Laboratory Supplies EACH 9.6 EUR PCR Tubes 0.2ml Flat Cap Green
MOL2308 Scientific Laboratory Supplies PK1000 96 EUR PCR Tubes 0.5ml Flat Cap Green
MOL2318 Scientific Laboratory Supplies PK1000 85.2 EUR HiTrap Blue HP 5 x 1mL
17041201 Scientific Laboratory Supplies EACH 303.6 EUR HiTrap IMAC HP 5 x 1mL
17092003 Scientific Laboratory Supplies EACH 277.2 EUR HiTrap IMAC FF 5 x 1mL
17092102 Scientific Laboratory Supplies EACH 216 EUR HiTrap DEAE FF 5 x 1mL
17505501 Scientific Laboratory Supplies EACH 183.6 EUR HiTrap Butyl FF 5 x 1mL
17135701 Scientific Laboratory Supplies EACH 266.4 EUR HiTrap Octyl FF 5 x 1mL
17135901 Scientific Laboratory Supplies EACH 266.4 EUR HiTrap Butyl HP 5 x 1mL
28411001 Scientific Laboratory Supplies EACH 289.2 EUR HiTrap Phenyl HP 5 x 1mL
17135101 Scientific Laboratory Supplies EACH 289.2 EUR HiTrap Phenyl HP 5 x 1mL
17519501 Scientific Laboratory Supplies EACH 597.6 EUR HiTrap Capto MMC 5 x 1mL
11003273 Scientific Laboratory Supplies EACH 309.6 EUR Nuclear Green™ LCS1 *5 mM DMSO Solution*
17540 AAT Bioquest 0.5 ml 109 EUR Nuclear Green™ DCS1 *5 mM DMSO Solution*
17550 AAT Bioquest 0.5 ml 109 EUR HiTrap Heparin HP 5 x 1mL
17040601 Scientific Laboratory Supplies EACH 331.2 EUR HiTrap Capto DEAE 5 x 1mL
28916537 Scientific Laboratory Supplies EACH 241.2 EUR Screw cap for 5mL tubes Green
TUB2136 Scientific Laboratory Supplies PK200 40.8 EUR DiagNano Green Fluorescent Silica Particles, 5 μm
DNG-L034 Creative Diagnostics 10 mL 752.4 EUR HiTrap Chelating HP 5 x 1mL
17040801 Scientific Laboratory Supplies EACH 277.2 EUR HiTrap Capto Adhere 5 x 1mL
28405844 Scientific Laboratory Supplies EACH 451.2 EUR Protonexâ„¢ Green 500
21215-1mg AAT Bioquest 1 mg 222 EUR Kinesis Tubing PEEK 1/16od x 0.030 (0.75mm) id Green
CHR2267 Scientific Laboratory Supplies 50FT 283.2 EUR HiTrap MAbSelect SuRe 5 x 1mL
11003493 Scientific Laboratory Supplies EACH 1603.2 EUR HiTrap MAbSelect xtra 5 x 1mL
28408258 Scientific Laboratory Supplies EACH 1203.6 EUR HITRAP BENZAMIDINE FF, 5 X 1ML
GE17-5143-01 Scientific Laboratory Supplies PK5 471.6 EUR MitoView Green
70054 Biotium 20X50UG 271.2 EUR 5MTR Flystuff (59-124G) Green Tubing 5 Meters
FLY1180 Scientific Laboratory Supplies 5MTR 88.8 EUR HiTrap Streptavadin HP 5 x 1mL
17511201 Scientific Laboratory Supplies EACH 834 EUR 2.0ML BOIL-PROOF MICROTUBES. GREEN
MCT-200-G CORNING 500/pk 139.2 EUR Benchmark hybex Replacement Cap Green 100-2000mL
BOT1875 Scientific Laboratory Supplies PK10 52.62 EUR Protonexâ„¢ Green 500WS
21218-1mg AAT Bioquest 1 mg 222 EUR Brilliant green
BB0242 Bio Basic 25g 67.31 EUR Malachite green
AT060 Unibiotest 1mg 2148 EUR Malachite green
AG060 Unibiotest 1 mg 627.6 EUR PhosLiteâ„¢ Green
11630-1mg AAT Bioquest 1 mg 222 EUR CytoTellâ„¢ Green
22253-500Tests AAT Bioquest 500 Tests 109 EUR CytoTellâ„¢ Green
22254-2x500Tests AAT Bioquest 2x500 Tests 166 EUR Dropliteâ„¢ Green
22729-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 195 EUR Thioliteâ„¢ Green
21508-5mg AAT Bioquest 5 mg 334 EUR W tym miejscu opisujemy rozwój i wstępną ocenę wydajności opracowanych testów HRM. Wyniki pokazują potencjalne zastosowanie testów HRM do szybkiego i stosunkowo niedrogiego badania przesiewowego dowodów biologicznych.
-