-
-
- W XXI wieku coraz więcej astronautów będzie przez dłuższy czas odwiedzać Międzynarodową Stację Kosmiczną (ISS). Dlatego niezwykle ważne jest dostarczenie niezbędnej podstawowej wiedzy na temat zagrożeń dla ich zdrowia i ich zdolności do pracy na stacji oraz podczas czynności poza pojazdem ( EVA ) w wolnej przestrzeni.
- Celem jednego z eksperymentów niemieckiego projektu TRIPLE-LUX (planowanego na ISS) jest oszacowanie zagrożenia zdrowia wynikającego z narażenia astronautów na promieniowanie w przestrzeni kosmicznej wewnątrz stacji, a także podczas czynności poza pojazdem na z jednej strony, a narażenie astronautów na nieuniknione lub dotychczas nieznane substancje genotoksyczne dla środowiska ISS z drugiej.
- Projekt (i) zapewni poszerzoną wiedzę na temat biologicznego działania promieniowania kosmicznego i enzymatycznej naprawy uszkodzeń DNA, (ii) odkryje komórkowe mechanizmy synergistycznego oddziaływania mikrograwitacji i promieniowania kosmicznego oraz (iii) zbada środowisko statków kosmicznych za pomocą wysoce specyficznych bioczujników .
- Do tych badań zostanie wykorzystany bioczujnik bakteryjny SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność-test, łączący test SOS-LUX-opracowany w DLR Niemcy (patent) z dostępnym na rynku testem LAC-FLUORO. Test SOS-LUX obejmuje genetycznie zmodyfikowane bakterie transformowane plazmidem pPLS-1 pochodzącym z pBR322. Plazmid ten niesie pozbawiony promotora operon lux Photobacterium leiognathi jako element reporterowy pod kontrolą promotora SOS zależnego od uszkodzenia DNA z ColD jako elementu czujnikowego.
- System ten reaguje na promieniowanie i inne czynniki indukujące uszkodzenia DNA mierzalną emisją bioluminescencji transformowanych bakterii, zależną od dawki. Analogiczny test LAC-FLUORO został opracowany do wykrywania odpowiedzi komórkowych na cytotoksyny. Opiera się na konstytutywnej ekspresji białka zielonej fluorescencji (GFP) za pośrednictwem wektora ekspresji białka bakteryjnego pGFPuv (Clontech, Palo Alto, USA).
- W odpowiedzi na środki cytotoksyczne układ ten reaguje z zależną od dawki redukcją fluorescencji GFP. Obecnie opracowywany jest w pełni zautomatyzowany, zminiaturyzowany system sprzętowy do konfiguracji bakterii, który obejmuje pomiary luminescencji i fluorescencji lub absorpcji oraz ocenę opartą na analizie obrazu.
- Podczas pierwszej misji SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność-Test na ISS, jako induktor genotoksyczny zostanie użyte znormalizowane źródło promieniowania, które nie zostało jeszcze ustalone. Panel rekombinowanych szczepów Salmonella typhimurium niosących plazmid SOS-LUX lub plazmid pośredniczący w fluorescencji lac-GFPuv zostanie użyty do równoległego określenia na jednej mikropłytce genotoksycznego i cytotoksycznego działania zastosowanego promieniowania w połączeniu z mikrograwitacją.
- Oprócz lub zamiast pomiarów fluorometrycznych środków cytotoksycznych, pomiary fotometryczne będą jednocześnie monitorować wzrost komórek, dając dodatkowe dane dotyczące przeżycia komórek. Uzyskane dane będą dostępne on-line w czasie trwania misji TRIPLE-LUX.
- Chociaż głównym celem misji TRIPLE-LUX jest pomiar efektu promieniowania w mikrograwitacji, test SOS-LUX-LAC-FLUORO-Toksyczność w zasadzie ma również zastosowanie jako biomonitor do wykrywania i pomiaru substancji genotoksycznych w powietrzu lub w systemie (recyklingu) wody na ISS lub ogólnie na ziemi.
Walidacja testu żywotności Clostridium endospore i analiza lodów Grenlandii i gleb pustyni Atacama.
- Mikroskopowy test żywotności przetrwalników (micro- EVA ) umożliwiający zliczenie kiełkujących przetrwalników Clostridium (GCE) w czasie krótszym niż 30 minut został zwalidowany i wykorzystany do określenia stężenia GCE w lodach Grenlandii i glebach pustyni Atacama . Inokulacja na agarozie domieszkowanej Tb(3+) i d-alaniną wyzwala kiełkowanie zarodników Clostridium i jednoczesne uwalnianie ~10(8) cząsteczek kwasu dipikolinowego (DPA) na endosporę, co pod wpływem impulsowego wzbudzenia UV umożliwia zliczenie powstałej zieleni Plamy luminescencyjne Tb(3+)-DPA jako GCE z mikroskopią luminescencyjną bramkowaną czasowo.
- Przebiegi intensywności w czasie plam luminescencyjnych były charakterystyczne dla dynamiki kiełkowania zarodników Clostridium stadium I. Mikro – EVA została zwalidowana względem tradycyjnej hodowli CFU w zakresie od 0 do 1000 całkowitych przetrwalników/ml (tj. ciałka o jasnej fazie/ml), uzyskując 56,4% ± 1,5% GCE i 43,0% ± 1,0% CFU. Pokazujemy również, że d-alanina służy jako środek kiełkujący specyficzny dla Clostridium (trzy przebadane gatunki), który hamuje kiełkowanie zarodników Bacillus (pięć przebadanych gatunków) w tym reżimie koncentracji przetrwalników.
- Ostatecznie, stężenia GCE w rdzeniach lodowych Grenlandii i glebach pustyni Atacama określono za pomocą mikro- EVA , uzyskując 1 do 2 GCE/ml lodu grenlandzkiego (w porównaniu z <1 CFU/ml po 6 miesiącach inkubacji) i 66 do 157 GCE/g Gleba pustyni Atakama (w porównaniu z 40 jtk/g gleby).
Analiza topnienia w wysokiej rozdzielczości w celu genotypu najczęstszych wariantów w HFE
- Analiza topienia amplikonów PCR w wysokiej rozdzielczości (HRM) została niedawno wprowadzona jako szybka i niedroga metoda genotypowania w zamkniętej probówce. W badaniu tym oceniono ten system jako opcję wykrywania trzech najczęstszych mutacji w genie HFE (C282Y, H63D, S65C), stanowiących główną postać dziedzicznej hemochromatozy.
- Użyto dziewięćdziesięciu próbek, wcześniej przebadanych przez bezpośrednie sekwencjonowanie i 27 kontroli. Analizę przeprowadzono na Rotor Gene Q, stosując komercyjną mieszankę HRM zawierającą barwnik Eva Green (Qiagen). Specyficzne startery umożliwiły amplifikację interesujących regionów w genie HFE. Po amplifikacji przeprowadzono analizę HRM w celu wykrycia wariantów DNA. Profile denaturacji termicznej próbek porównano z profilami kontrolnymi.
- Z łatwością zidentyfikowano sto procent próbek heterozygotycznych i homozygotycznych. Heterozygoty były łatwo identyfikowane, ponieważ heterodupleksy zmieniały kształt krzywych topnienia, ale istotne różnice były również obecne w krzywych topnienia homozygotycznych nosicieli w porównaniu z krzywymi typu dzikiego.
- Analiza HRM to atrakcyjna technologia do badań przesiewowych genów HFE. Jest to solidna technika, która może być szeroko stosowana w laboratoriach diagnostycznych w celu ułatwienia badań przesiewowych mutacji genów.
Szybka i niedroga identyfikacja płynów ustrojowych za pomocą opartej na profilowaniu RNA analizy multipleksowej o wysokiej rozdzielczości (HRM).
- Pozytywna identyfikacja charakteru materiału biologicznego znajdującego się na przedmiotach dowodowych może być kluczowa dla zrozumienia okoliczności towarzyszących przestępstwu. Jednak tradycyjne metody oparte na białkach nie pozwalają na identyfikację wszystkich płynów ustrojowych i tkanek, a zatem konieczne jest opracowanie strategii opartych na molekularnych metodach rozstrzygającej identyfikacji wszystkich płynów i tkanek istotnych z punktu widzenia medycyny sądowej.
- Profilowanie Messenger RNA (mRNA) jest przykładem takiego podejścia molekularnego. Obecne testy identyfikacji mRNA w płynach ustrojowych obejmują elektroforezę kapilarną (CE) lub ilościową platformę RT-PCR (qRT-PCR), każda z własnymi ograniczeniami. Obie platformy wymagają użycia drogich, znakowanych fluorescencyjnie starterów lub sond.
- Testy oparte na CE wymagają oddzielnych etapów amplifikacji i detekcji, co wydłuża czas analizy. W przypadku testów qRT-PCR w jednej reakcji można uwzględnić tylko 3-4 markery, ponieważ każdy z nich wymaga innego barwnika fluorescencyjnego.
- Aby uprościć testy profilowania mRNA oraz skrócić czas i koszty analizy, opracowaliśmy jedno- i wieloskładnikowe testy High Resolution Melt (HRM) płynów ustrojowych do identyfikacji powszechnie istotnych z punktu widzenia medycyny sądowej płynów i tkanek . Włączone biomarkery obejmują IL19 (wydzielina pochwowa), IL1F7 (skóra), ALAS2 (krew), MMP10 (krew menstruacyjna), HTN3 (ślina) i TGM4 (nasienie).
- Testy HRM wymagają jedynie nieznakowanych starterów PCR i jednego nasycającego interkalującego barwnika fluorescencyjnego ( Eva Green ). Każdy marker specyficzny dla płynu ustrojowego można łatwo zidentyfikować dzięki obecności wyraźnego piku topnienia. Zazwyczaj testy HRM są wykorzystywane do wykrywania wariantów lub izoform pojedynczego genu docelowego. Jednak opracowaliśmy unikatowe testy duplex i triplex HRM, aby umożliwić jednoczesne wykrywanie wielu celów na reakcję.
MBPTRAP 5 X 1ML
GE28-9187-78 Scientific Laboratory Supplies PK5 289.56 EUR GSTrap FF 5 x 1mL
17513001 Scientific Laboratory Supplies EACH 356.82 EUR GSTrap HP 5 x 1mL
17528101 Scientific Laboratory Supplies EACH 397.86 EUR HisTrap FF 5 x 1mL
17531901 Scientific Laboratory Supplies EACH 192.66 EUR GSTrap 4B 5 x 1mL
28401745 Scientific Laboratory Supplies EACH 336.3 EUR HiTrap MAbSelect 5 x 1mL
28408253 Scientific Laboratory Supplies EACH 1044.24 EUR StrepTrap HP 5 x 1mL
28907546 Scientific Laboratory Supplies EACH 776.34 EUR OPTIONAL GREEN FILTER (572NM)
GDBL-GREEN CORNING 1/pk 1262.4 EUR HITRAP BENZAMIDINE FF, 5 X 1ML
GE17-5143-01 Scientific Laboratory Supplies PK5 381.9 EUR HiTrap IMAC HP 5 x 1mL
17092003 Scientific Laboratory Supplies EACH 240.54 EUR HiTrap IMAC FF 5 x 1mL
17092102 Scientific Laboratory Supplies EACH 186.96 EUR HiTrap SP HP 5 x 1mL
17115101 Scientific Laboratory Supplies EACH 171 EUR HiTrap Q HP 5 x 1mL
17115301 Scientific Laboratory Supplies EACH 171 EUR HiTrap Phenyl HP 5 x 1mL
17135101 Scientific Laboratory Supplies EACH 249.66 EUR HiTrap Butyl FF 5 x 1mL
17135701 Scientific Laboratory Supplies EACH 231.42 EUR HiTrap Octyl FF 5 x 1mL
17135901 Scientific Laboratory Supplies EACH 231.42 EUR HiTrap Q FF 5 x 1mL
17505301 Scientific Laboratory Supplies EACH 158.46 EUR HiTrap SP FF 5 x 1mL
17505401 Scientific Laboratory Supplies EACH 158.46 EUR HiTrap DEAE FF 5 x 1mL
17505501 Scientific Laboratory Supplies EACH 158.46 EUR HiTrap CM FF 5 x 1mL
17505601 Scientific Laboratory Supplies EACH 158.46 EUR HiTrap Streptavadin HP 5 x 1mL
17511201 Scientific Laboratory Supplies EACH 722.76 EUR HiTrap Q xL 5 x 1mL
17515801 Scientific Laboratory Supplies EACH 158.46 EUR HiTrap SP xL 5 x 1mL
17516001 Scientific Laboratory Supplies EACH 161.88 EUR HiTrap Phenyl HP 5 x 1mL
17519501 Scientific Laboratory Supplies EACH 517.56 EUR HiTrap Capto Adhere 5 x 1mL
28405844 Scientific Laboratory Supplies EACH 391.02 EUR HiTrap MAbSelect xtra 5 x 1mL
28408258 Scientific Laboratory Supplies EACH 1044.24 EUR HiTrap Butyl HP 5 x 1mL
28411001 Scientific Laboratory Supplies EACH 249.66 EUR HiTrap Capto DEAE 5 x 1mL
28916537 Scientific Laboratory Supplies EACH 229.14 EUR HiTrap Capto MMC 5 x 1mL
11003273 Scientific Laboratory Supplies EACH 267.9 EUR HiTrap MAbSelect SuRe 5 x 1mL
11003493 Scientific Laboratory Supplies EACH 1390.8 EUR HiTrap Heparin HP 5 x 1mL
17040601 Scientific Laboratory Supplies EACH 287.28 EUR HiTrap Chelating HP 5 x 1mL
17040801 Scientific Laboratory Supplies EACH 240.54 EUR HiTrap Blue HP 5 x 1mL
17041201 Scientific Laboratory Supplies EACH 263.34 EUR 2X Taq PCR Premix (5 x 1mL)
9K-002-0005 Bio Basic 5X1mL, 5ml 440.54 EUR 2X Pfu PCR Premix (5 x 1mL)
9K-002-0022 Bio Basic 5X1mL, 5ml 697.37 EUR HiTrap NHS-activated HP 5 x 1mL
17071601 Scientific Laboratory Supplies EACH 256.5 EUR HiTrap Butyl-S FF 5 x 1mL
17097813 Scientific Laboratory Supplies EACH 231.42 EUR HiTrap rProtein A FF 5 x 1mL
17507901 Scientific Laboratory Supplies EACH 989.52 EUR HiTrap IgM Purification HP 5 x 1mL
17511001 Scientific Laboratory Supplies PK5 709.08 EUR HiTrap IgY Purification HP 5 x 1mL
17511101 Scientific Laboratory Supplies EACH 709.08 EUR HisTrap HP crude columns 5 x 1mL
17524701 Scientific Laboratory Supplies EACH 239.4 EUR HiTrap Capto S columns 5 x 1mL
17544122 Scientific Laboratory Supplies EACH 229.14 EUR HiTrap Con A 4B 5 x 1mL
28952085 Scientific Laboratory Supplies EACH 204.06 EUR HisTrap FF crude columns 5 x 1mL
11000458 Scientific Laboratory Supplies EACH 213.18 EUR HiTrap Capto Q columns 5 x 1mL
11001302 Scientific Laboratory Supplies EACH 229.14 EUR HiTrap Protein G HP 5 x 1mL
17040401 Scientific Laboratory Supplies EACH 927.96 EUR Creatinine Standard, 1ML
C003-1ML Arbor Assays 1ML 284.4 EUR dATP, 100mM, 1ml
2013A-1ML ACTGene 184.8 EUR dCTP, 100mM, 1ml
2013C-1ML ACTGene 184.8 EUR dGTP, 100mM, 1ml
2013G-1ML ACTGene 184.8 EUR dTTP, 100mM, 1ml
2013T-1ML ACTGene 184.8 EUR Dissociation Reagent, 1ML
X017-1ML Arbor Assays 1ML 130.8 EUR NADPH Concentrate, 1ML
X043-1ML Arbor Assays 1ML 147.6 EUR Stop Solution, 1ML
X046-1ML Arbor Assays 1ML 78 EUR Dissociation Reagent, 1ML
X058-1ML Arbor Assays 1ML 87.6 EUR 2X High-Taq PCR Premix (5 x 1mL)
9K-002-0011 Bio Basic 5X1mL, 5ml 462.47 EUR HiTrap Phenyl FF low sub 5 x 1mL
17135301 Scientific Laboratory Supplies EACH 231.42 EUR HiTrap Phenyl FF high sub 5 x 1mL
17135501 Scientific Laboratory Supplies EACH 230.28 EUR HiTrap Benzamidine FF high sub 5 x 1mL
17514301 Scientific Laboratory Supplies EACH 417.24 EUR Urea Nitrogen Standard, 1ML
C089-1ML Arbor Assays 1ML 207.6 EUR dNTP MIX 100mM, 1ml
2013MIX-1ML ACTGene 184.8 EUR Detection Reagent Concentrate, 1ML
X041-1ML Arbor Assays 1ML 171.6 EUR Enzyme Stabilization Buffer, 1ML
X091-1ML Arbor Assays 1ML 122.4 EUR Morpheus HT-96 Green Screen
M-MD1-47-GREEN MiTeGen 96 x 1 ml ml 280 EUR Glutathione Reductase Conc., 10x, 1ML
X130-1ML Arbor Assays 1ML 147.6 EUR GSTrap FF 2 x 1mL
17513002 Scientific Laboratory Supplies EACH 175.56 EUR Gas Syringe 100ml x 1ml
SYR1001 Scientific Laboratory Supplies EACH 16.09 EUR Reactive Green 5
GT6783-25G Glentham Life Sciences 25 g 151.2 EUR Reactive Green 5
GT6783-5G Glentham Life Sciences 5 g 64.8 EUR Finntip 5ml 0.5-5ml Green 5 x 54 rack
PIP3708 Scientific Laboratory Supplies PK270 109.44 EUR DetectX® Cortisone CLIA Conjugate Stock, 1ML
C056-1ML Arbor Assays 1ML 284.4 EUR Anderson-Evans polyoxotungstate, 5 mg
M-X-TEW-5 MiTeGen 5 mg 534 EUR HBV LONGITUDINAL PANEL (12 X 1mL)
6504 Zeptometrix 12 X 1mL 1513.92 EUR Hitrap Q RP 1 X 1ML
29051325 Scientific Laboratory Supplies EACH 45.6 EUR Empty Cartridges (1ml)
EB-Ctg1-5 ABTBeads 5/pk 175.2 EUR 2X Taq PCR Premix with 0.5X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0006 Bio Basic 5X1mL, 5ml 440.54 EUR 2X Taq PCR Premix with 1.0X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0007 Bio Basic 5X1mL, 5ml 440.54 EUR 2X Taq PCR Premix with 1.5X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0008 Bio Basic 5X1mL, 5ml 440.54 EUR 2X Taq PCR Premix with 2.0X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0009 Bio Basic 5X1mL, 5ml 440.54 EUR 2X Pfu PCR Premix with 0.5X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0023 Bio Basic 5X1mL, 5ml 697.37 EUR 2X Pfu PCR Premix with 1.0X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0024 Bio Basic 5X1mL, 5ml 697.37 EUR 2X Pfu PCR Premix with 1.5X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0025 Bio Basic 5X1mL, 5ml 697.37 EUR 2X Pfu PCR Premix with 2.0X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0026 Bio Basic 5X1mL, 5ml 697.37 EUR X-gal
abx098142-1ml Abbexa 1 ml 477.6 EUR Finntip 5ml Sterile 0.5-5ml Green 5 x 54 rack
PIP3742 Scientific Laboratory Supplies PK270 137.94 EUR Thiazole Green, 10, 000X in DMSO
40086-1mL Biotium 1mL 344.4 EUR SYBR Green I
B1747-5 Biovision 464.4 EUR CytoSelect Clonogenic Tumor Cell Isolation Kit (5 x 5 preps)
CBA-155-5 Cell Biolabs 25 preps 3894 EUR 2X High-Taq PCR Premix with 1.0X Band Sharpener (5 x 1mL)
9K-002-0012 Bio Basic 5X1mL, 5ml 462.47 EUR NATtrol EP Control (12 x 0.25 mL; 2 x 1mL)
NATEPC-NNS Zeptometrix 12 x 0.25 mL; 2 x 1mL 495.55 EUR NATtrol Respiratory Verification Panel (15 x 0.5mL; 2 x 1mL)
NATRVP-NNS Zeptometrix 15 x 0.5mL; 2 x 1mL 836.26 EUR dNTP set (each 100mM) (4 x 1mL)
9K-003-0007 Bio Basic 4x1mL, 4ml 726.42 EUR Syphilis Mixed Titer Panel (15 X 1mL)
KZMC002 Zeptometrix 15 X 1mL 791.33 EUR HiTrap rProtein A FF 2 x 1mL
17507902 Scientific Laboratory Supplies EACH 450.3 EUR HiTrap IEx Selection Kit 7 x 1mL
17600233 Scientific Laboratory Supplies EACH 292.98 EUR HiTrap HIC Selection Kit 7 x 1mL
28411007 Scientific Laboratory Supplies EACH 304.38 EUR 1mL Vial 40 x 8.2mm Clear Glass
CHR2238 Scientific Laboratory Supplies PK1000 149.34 EUR 1mL Vial 40 x 8.2mm Amber Glass
CHR2240 Scientific Laboratory Supplies PK1000 174.42 EUR HiTrap Protein A HP 2 x 1mL
17040203 Scientific Laboratory Supplies EACH 385.32 EUR HiTrap Protein G HP 2 x 1mL
17040403 Scientific Laboratory Supplies EACH 432.06 EUR W tym miejscu opisujemy rozwój i wstępną ocenę wydajności opracowanych testów HRM. Wyniki pokazują potencjalne zastosowanie testów HRM do szybkiego i stosunkowo niedrogiego badania przesiewowego dowodów biologicznych.
-